Выращивать огородные и другие растения в теплице из поликарбоната было бы гораздо проще, если бы растения не болели. К сожалению, и они страдают от болезней. Среди них есть такие грибки, как фитофтора и мучнистая роса, особенно опасные для томатов. Есть бактериальные инфекции, вызывающие гниль и некрозы. Есть и вирусные заболевания, которые проявляют себя через узоры в виде мозаики на листьях.

Поражённое вирусами растение следует немедленно удалить из теплицы и уничтожить. Растение, страдающее от грибков или бактерий, можно вылечить, однако только в том случае, если заболевание не зашло слишком далеко. Попадают переносчики заболеваний в теплицу с насекомыми, с приточным воздухом, однако чаще всего — через ранее заражённые растения или семена. Поэтому новые растения следует выдерживать в карантине до тех пор, пока огородник не убедится в том, что с ним всё нормально. Семена же перед посадкой обрабатывают специальными растворами с целью дезинфекции. Профилактика заболеваний растений заключается в соблюдении санитарных правил, чтобы переносчики болезней растений не могли попадать в теплицу на одежде, садовом инвентаре или других предметах.